《瘟疫公司》是一款战略模拟游戏。游戏开始时，玩家拥有一种还没有人被感染过的病原体。玩家需要将病原体传播至整个世界，并透过改良病原体将世上所有人消灭。但是，人类科学家会研发解药，因此玩家还要赶在解药研发完或者开始研发之前完成消灭全部人类目标。
2020年11月9日，推出了新模式——解药风云。玩家化身研发解药的那一方，玩家需要同时面对三个问题：威望值（如果防疫措施过于激进或疫情传播与死亡率过高，威望值会下降，一旦为0则游戏失败）；逆反度（民众可能不配合隔离措施，爆发全境不合作运动）；病原体。[7]
游戏的开发者指出此游戏“有点像电影《全境扩散》，但是你是站在另一方”。[8]开发者亦指出游戏灵感来自2008年Flash游戏《流感大流行2》（Pandemic 2）。[9]
玩家在游戏中可以选用多种病原体，每种都有其独特的进化方式。不过，刚进入游戏的新手一般只能使用细菌。随后的病原体，包括病毒、真菌、寄生虫、朊病毒、纳米病毒和生化武器，一般需要玩家按照顺序游玩解锁。此外还有一些特殊的病原体，包括能控制人类精神的Neurax蠕虫，Necroa丧尸病毒，与《猿人争霸战：猩凶革命》制片公司合作推出的“猿猴流感”，以及被命名为暗影瘟疫的吸血鬼瘟疫。除此之外，游戏还有特殊的剧情模式（例如：疯牛病，令全世界变得快乐的蠕虫）。